LA TRAÇABILITÉ GÉNÉTIQUE DE LA VIANDE ET DES BACTÉRIES
Colloque « Maladies : leur transmission du bétail à l’Homme ».
Département des Sciences des Denrées Alimentaires, Faculté de Médecine Vétérinaire, Université de Liège, Sart Tilman, Bât. : B43bis, 4000 Liège, Tél. : 043664029, Fax : 04 36647 53, bchina@ulg.ac.be
Résumé
Afin d'assurer une transparence tout le long de la chaîne de transformation de la viande, il faut disposer d'un système de traçabilité performant. La traçabilité administrative montre des limites que l'utilisation de marqueurs génétiques pourrait surmonter. Le génome de chaque individu possède des différences de séquences, à la base du polymorphisme génétique, dont les marqueurs génétiques sont les témoins. Parmi ceux-ci, deux classes semblent s'imposer en matière de traçabilité : les microsatellites et les polymorphismes simple nucléotide. Les microsatellites sont caractérisés par un degré de polymorphisme important avec de nombreux allèles pour un même locus. De plus, leur détection se fait directement par amplification itérative. Techniquement, le problème se pose lors de la détection simultanée de plusieurs microsatellites où le patron obtenu est difficile à interpréter. Les polymorphismes simple nucléotide sont représentés par des mutations ponctuelles dans la séquence nucléotidique. Ils sont fréquents, stables, répartis de façon aléatoire et généralement bialléliques. La détection se fait soit par hybridation sur des biopuces, soit par spectrométrie de masse ou par d'autres techniques facilement automatisables. Cette automatisation est nécessaire pour pouvoir tester un grand nombre de polymorphismes simultanément sur un grand nombre d'échantillons, permettant ainsi de diminuer les coûts. Quant aux microorgnismes contaminant la viande, il est également possible d’en établir l'empreinte génétique afin d’une part d'établir un lien objectif entre la souche isolée de patients et la souche isolée de l'aliment et d'autre part d'établir le caractère épidémique de la souche.
Abstract
In order to assure a tracability along the meat transformation chain, a powerful tracability system is required. The administrative tracability shows limits that the use of genetic markers could overcome. The individual genome contains sequence differences, basis of the genetic polymorphism of which the genetic markers are the witnesses. Among them, two classes seem to dominate on the tracability field : the microsatellites and the single nucleotide polymorphisms. Microsatellites are characterized by a high level of polymorphism with a lot of alleles for the same locus. Moreover, their detection is directly possible by polymerase chain reaction. Technically, the problem raised when simultaneous detection of several microsatellites is achieved due to the complexity of the obtained pattern. Single nucleotide polymorphisms are single nucleotide mutations in the nucleotidic sequence. They are frequent, stable, randomly scattered and generally biallelic. Their detection is performed either by hybridization on biochips or by mass spectrometry or by other easily automatable technics. This automation is required to test simultaneously a great number of polymorphisms in a large number of samples allowing to decrease the cost. For microorganisms spoiling food, it is also possible to have DNA fingerprints in order first to establish the link between the strain isolated from patients and the strain isolated from food and second to establish the epidemic character of the strain.